Чтобы перевести сайт из версии 1,2 или 3 в версию 11, вам не надо делать архив сайта. Сайткрафт-Студия (версия c 4 по 11) не принимает архивы из Сайткрафта 3.
Сайт нужно просто открыть в новой версии. Откройте Хранилище в новой версии, найдите через него ваш сайт, сделанный в Сайткрафте-3 (или в Сайткрафте 1 или 2), и нажмите кнопку "Открыть сайт".
Программа сама предложит перевести сайт в новый формат, и вам нужно только нажать кнопку, согласиться с программой.
Если после перевода ваш сайт выглядит как-то не так, как вы ожидали, напишите в поддержку Сайткрафта support@sitecraft.ru, и мы вам поможем.